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江户城本丸御殿是幕府将军的政务与居住核心，整体呈南北纵深布局，严格遵循“表向（处理公开政务）—中奥（过渡兼办公）—大奥（私人生活）”的三段式结构，由南向北依次递进，私密性逐级增强。采用江户一贯的“书院造”风格，全屋榻榻米铺设，墙壁与隔门多绘有狩野派金箔屏风画（如松虎图、鹰松图），体现权威与奢华。表向与大奥之间通过多重门扉与走廊物理隔离，确保女性居住区不受外界干扰。由著名的「松之大廊下」通道与二之丸连接。
“表向”位于最南侧，是将军接见大名、处理政务的正式场所。主要房间包括「大广间（接待外样大名）」、「式台（接待亲藩/谱代大名）」、「黑书院（仅次于大广间的正式办公场所，将军同与德川家关系亲密的大名、高位的朝臣在此处见面）」与「白书院（将军日常办公及小范围会谈）」。此区域装饰华丽但等级森严，大名需按身份在指定房间等候。
“中奥”位于表向与大奥之间，是将军的办公延伸区及侧近侍从的居所。包含「御小座敷」、「御文台」等房间，作为连接公共政务与私人生活的缓冲地带，非核心亲信不得入内。
“大奥”位于最北侧（天守阁前方及左侧），是将军及其家眷的绝对私密生活区，占地约占本丸总面积一半。内部细分为「御殿（将军卧室、御台所居室、侧室居室）」、「长局（女中们居住的长廊式宿舍）」和「广敷（女中办公及服务区域，如吴服之间、御膳所）」。大奥入口设有严格关卡，男性除将军外仅限特定时间经许可进入。
「御殿」包括将军的居室、御台所的居室「新御殿」和侧室的居室，还有为服侍将军、御台所和侧室起居生活而设立的各处所：「吴服之间（缝制服装）」，「御膳所（安排膳食和试毒）」，「七宝间（御书房）」，「御佛间（藏经阁）」，「千鸟间（情报室）」。
「长局」是大奥女中的居室，有「一之侧」、「二之侧」、「三之侧」、「四之侧」，女中按照身份、职位高低分配住处，上臈御年寄，御年寄等高级女中住在「一之侧」，以此类推。
「广敷」因地处东侧，又称“东局”。设于平川门内，是台所役人（男工）工作的地方。根据大奥法度，男子禁入大奥，所以只有一个连接广敷和御殿的出入口，称为「御广敷御锭口」，特别设置「御广敷」，供大老、老中等幕臣与御年寄议政。由“广敷役人”管理，日常与“御目见以上”级女中对接。除此之外，还有「御小座敷」、「御使座敷」、「
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